Помощно училище „Отец Паисий“ гр. Бургас е създадено през 1946 година като помощна паралелка към училище „Св.Св. Кирил и Методий“ с учител Дарина Райнова с един смесен клас от деца I и II клас. През 1947 г. се сформира втора паралелка с преподавател Мара Попова.
През 1949 година училището е преместено в сградата на ОУ“Любен Каравелов“, където се сформират до пет паралелки до IV клас. Подборът на учениците се извършва от комисия съставена от отдел „Народна просвета“ и лекар невролог.
През 1953 година са назначени още двама учители за среден курс – Гичка Люцканова и Петрана Сунгарска. Следващата година се провежда и специализиран курс за учители-дефектолози за нуждите на училището.
През 1955 година се обособява самостоятелно училище с наименование Помощно училище „Отец Паисий“ с паралелки до VII клас, с директор Гичка Люцканова.
През 1957 година излизат специални учебни планове и програми за помощни паралелки и училища. През същата година се извършва сериозен ремонт на най-старата училищна сграда в центъра на Бургас и училището е настанено в самостоятелна сграда със 7 класни стаи и оборудвана учебна работилница по дървообработване на ул. „Св.Св. Кирил и Методий“ №7.
През 1964 година в училището функционират 7 паралелки начален и 6 среден курс, с директор Мария Костова, броят на учителите е 15 – всички специалисти –дефектолози.
През 1969 година започва да функционира и занималня за учениците, оборудва се и работилница по шев и бродерия.
През 1974 година за директор е назначена Вяра Андреева. В периода до 1982 година общият брой на паралелките достига до 17 и функционират 3 логопедични кабинета.
През 1984 година е назначен нов директор – Христина Брусалиева. До 1987 г. броят на паралелките достига 19, на учениците – 210, а на учителите 28, всички със специално образование.
В периода от 1980 до 1990 г. в училището се разгръща активна кръжочна дейност, участия в градски, окръжни и национални изложбени, фестивални и др. мероприятия, на които са спечелени десетки награди и отличия.
През 1992 година за директор е избран Атанас Тодоров. През ноември същата година пада тавана в една от класните стаи в над 120 годишната сграда. Училището се премества на ул.“Вардар“1 в старата постройка на ОУ“Бр. Миладинови“, където се помещава и до днес.
На 15.09.1993 г. се разкрива първата паралелка за деца със слухово-речеви затруднения, разкриват се още 4 логопедични кабинета като общият им брой достига 10.
През 2001 година допълнителна паралелка I клас за ученици с множествени увреждания в дневен център „Св. Николай Чудотворец“
През 2004 година се въвежда нова за страната практическа холандска методика по математика „Ремелка“, в тясно сътрудничество с холандски специалисти, като до 2010 г. методиката е разпространена в още 14 български общини от училищните преподаватели Диана Костова и Миланка Спасова.
През 2006 година се разкрива първата професионална паралелка за ученици IX и X клас, с професионална квалификация „Работник заведения за хранене и развлечения“, със свидетелство за I степен на професионална квалификация. Оборудвани са учебен кабинет и работилница по практика – готварство, както и столова- разливочна за хранене на учениците. През 2007 г. е разкрита втора професионална паралелка, а през 2008 г. завършва и първият випуск от X клас професионално обучение.
От декември 2014 година директор е Диана Костова, която изпълнява длъжността понастоящем.
През дългогодишното си съществуване принципите, на които се подчинява работата в училището са изцяло отдадени в ползата и името на децата със специални образователни потребности, изцяло съобразени с индивидуалните им възможности и потребности, извършвана от най-добрите специалисти в областта.
От 01.08.2017 година със заповед №РД-14-240/20.07.2017г. на министъра на образованието и науката и решение по т.30 от протокол №24/28.02.2017г. на общински съвет гр.Бургас, Помощно училище "Отец Паисий" - гр. Бургас се преобразува в "Център за специална образователна подкрепа" - гр. Бургас.
