Помощно училище „Отец Паисий“ гр. Бургас е създадено през 1946 година като помощна паралелка към училище „Св.Св. Кирил и Методий“ с учител Дарина Райнова с един смесен клас от деца I и II клас. През 1947 г. се сформира втора паралелка с преподавател Мара Попова.
През 2015 година за директор е избрана Диана Костова, която изпълнява длъжността понастоящем.
През дългогодишното си съществуване принципите, на които се подчинява работата в училището са изцяло отдадени в ползата и името на децата със специални образователни потребности, изцяло съобразени с индивидуалните им възможности и потребности, извършвана от най-добрите специалисти в областта.
От 01.08.2017 година със заповед № РД-14-240/20.07.2017г. на министъра на образованието и науката и решение по т.30 от протокол №24/28.02.2017г. на общински съвет гр.Бургас, Помощно училище "Отец Паисий" - гр. Бургас се преобразува в "Център за специална образователна подкрепа" - гр. Бургас.